台灣地區水資源之利用早年以農業灌溉為主，而今，產業用水與家用及公共給水日趨重要，但由於台灣地區地理水文條件之天然限制，同時由於民眾環保意識高漲，使水資源開發窒礙難行，在開發不易及用水需求量日增下，水資源之管理與調配，為當前政府施政之方針。
　依據「水利法」規定，各標的用水欲取得用水權利必須按規定之程序辦理申請與登記手續，依法取得「水權」。政府則考量國土綜合發展計畫，人口成長、產業、經濟變革及土地利用調整等需求面之發展趨勢，配合各區域地面水潛能水量及地下水安全出水量等水資源供給面之特性，審度規劃調配區域水資源，藉由「水權登記制度」合理有效地管理調度及分配使用水資源，以提高水資源運用之安定性、經濟性及效率性，謀求國家社會整體利益及民眾福祉。 為能確實達成水資源合理有效分配及健全取用水管理與制度之目標，本部茲依據民國八十三年「全國水利會議」中有關「導正水權觀念，落實並貫徹執行水權管理工作」之建議，爰於民國八十四年九月研提「健全水權管理實施方案」報奉行政院核定實施。

「健全水權管理實施方案」係秉持「科學管理與永續利用兼融」、「取用水者付費」、「生態保育與經濟發展兼顧」、「合理利用水資源」等諸項原則，期積極有效地整合落實水利法之精神及規定，達成水資源合理有效分配之總目標。「健全水權管理實施方案」推動之主要目標有二，分別為：
（一）健全取用水管理與制度。
（二）達成水資源合理有效分配。
秉持之三大原則為：
（一）科學管理與永續利用兼融。
（二）取用水者付費。
（三）生態保育與經濟發展兼顧，合理利用水資源。

基於二大目標及三大原則前提下，「健全水權管理實施方案」擬具科學管理、合理分配、修訂法令及教育宣導等四大策略以分項推動之，各策略研訂之工作內容包括：
（一）科學管理：藉由新科技衡諸水文環境變異及產業用水特性，以建立水權核發管理之依據
　　　並應用電腦輔助系統提昇水權核辦作業品質。主要工作包括：水權資料電腦建檔、推
　　　行水權核辦文書處理電腦化作業、研訂各用水事業所必需之合理引用水量範圍、建立
　　　各水系水源潛能水量模式、建立台灣地區地下水觀測站網及現代化水文觀測站網、建
　　　 置水權管理支援系統及應用ＧＰＳ勘定取水地點位置等。

（二）合理分配：藉由客觀之評量建立水權水量調撥移用之方式及其補償機制，以達成公平正
　　　義之目的，提昇水資源利用之效率。主要工作包括：訂定水權費徵收及管理運用辦法
　　　、研訂量水設備規範及其度量衡標準、研訂移用水量補償原則及計算方式、研究遙測
　 　　系統在區域水資源分配應用等。

（三）修訂法令：藉由各部會檢討修訂相關法令，以因應天然環境變遷，產業發展趨勢及水資
　　　源管理實務之需求，以健全水權管理運作之機制。主要工作包括：水利法暨其施行細
　　　則修正草案、研訂取水許可實施辦法及大量取用水計畫之預審制度及其規定，另督促
　　　省（市）政府訂定地下水管制辦法，並惠請內政部配合修正鑿井業管理規則等。

（四）教育宣導：藉由各項教育宣導之活動設計及廣宣媒體之配合推廣水權觀念及法規常識，
　　　落實健全水權管理工作之基礎。主要工作包括編印宣導小冊、編入各級學校教育課程
　　　、製作電視短片、利用廣電媒體、進行觀念宣導、辦理水權管理研討、成立水利法規
　　　講說團、辦理下鄉巡迴講說活動，以及強化「水利行政研習班」課程內容、加強水權
　　　業務認知與辦理水權業務觀摩、績優單位及人員表揚等活動、增益水權核辦人員之研
　　 　習訓練等。

各項策略所採行之措施及實施要項之內容茲綜整列如圖一所示，主要之工作係依據水權申請核辦作業流程，建置輔助支援系統工具，其架構如圖二所示。 「健全水權管理實施方案」係藉由「科學管理」、「合理分配」、「修訂法令」、以及「教育宣導」諸策略，採多元化、整體性之作為以建構嚴整之管理架構體系，落實水利法之規定。自八十五年度起推動實施，迄今已迄五年，各委辦計畫均按原訂期程委託各相關學術研究機構或顧問公司辦理。