高屏溪發源於中央山脈之玉山，溪上有兩源，東源是荖濃溪，源自於玉山，附近景色優美，經過荖濃山迂迴向西南流，流經新威附近時，有支流濁口溪來匯，細流分岐，到里港東北會隘寮溪，續行至里港西南和楠梓仙溪相會，改稱高屏溪，至嶺口下折而南流，河床多成髮辮狀，也稱下淡水溪，至東港、林園間入海。西源楠梓仙溪，原出玉山和阿里山之間山麓，流經旗山鎮以東，故也稱為旗山溪。在佛光山附近和荖濃溪相會。

       高屏溪幹流長度一百七十一公里，為台灣第二大河川（僅次於濁水溪），流域面積三千兩百五十七平方公里，流經高雄縣的桃源鄉、三民鄉、甲仙鄉、六龜鄉、杉林鄉、內門鄉、茂林鄉、美濃鎮、旗山鎮、大樹鄉、大寮鄉、林園鄉及屏東縣的霧台鄉、三地鄉、高樹鄉、里港鄉、鹽埔鄉、九如鄉、瑪家鄉、內埔鄉、長治鄉、屏東市、萬丹鄉、新園鄉、泰武鄉等地。

      高屏溪為嘉南、屏東兩大平原人文及自然景觀重要分野。在行政區上屬高、屏兩縣，同時提供高屏地區民生飲用水、工業用水、農業灌溉用水之主要水源，但由於近年來不當開發，任意濫墾、濫挖，再加上廢水的污染，使高屏溪的水質，受到嚴重的衝擊，有鑑於此，台灣省政府成立「高屏溪整治計劃推動小組」，並於民國八十三年七月廿六日「高屏溪整治計劃推動小組」籌備會中，擬定出綱要計劃，以加速整治高屏溪，達成永續發展與經營的目標。

高屏溪之水資源      

       高屏溪與旗山溪、隘寮溪、濁口溪、荖濃溪、美濃溪及武洛溪構成了高屏溪流域。高屏溪流域，水資源相當豐沛，年雨量約三千一百五十公厘，但雨量大多集中在五至十月，約佔全年逕流量的86％，主要水資源儲蓄設施於中正湖、澄清湖、鳳山水庫，以致無法有效利用。

       高屏溪流域之地下水資源，以屏東平原蘊藏最豐富，但每年因超抽地下水，造成平原地下水遽降、水質惡化及地層下陷等問題。

高屏溪之防洪、排水工程

      高屏溪防洪工程可追溯1906年，在歷經終戰後至今，共計防洪工程有一百零七公里長，位居台灣第一位。近年來，不僅對老舊堤防加高、加強之外，更整合各項治山防洪、河川開發等工作，水利處於民國七十三年完成全溪之防洪工程規劃，預計新建堤防28950公尺、護岸3850公尺。

     在排水改善方面，配合治水工程，並增加各排水路之排水能力，水利處預計改善高雄及屏東排水路29667公尺。

河川低水治理及空間利用計劃

        為有效規劃高屏溪流域自里嶺大橋以下主河段之低水治理高灘地利用，經濟部水利處於民國八十三年完成「高屏溪河川低水治理規劃」，計劃中將賦予河川新生命，確保洪水疏通，並設置生態公園、親水公園或人造濕地，提供民眾親水遊憩空間。

河川區域重測

       經濟部水利處目前已完成高屏溪出海口至荖濃溪里港大橋之河川區域重測，預計至民國九十年陸續完成荖濃溪、旗山溪、亦寮溪及武洛溪等支流重要河段區域線重測工作，總重測長度約為五百五十二公里。